Le roi de France, Charles VIII, souhaite annexer le duché de Bretagne au royaume de France. En 1488, l'armée bretonne du Duc Jean II constituée de renforts européens (Anglais, Germains, Espagnols, Italiens, Flamands, Basques, Gascons) et l'armée française renforcée par des Suisses et des Bretons infidèles au Duc s'affrontent à Saint-Aubin-du-Cormier, entre Rennes et Fougères. Près de 10 000 hommes issus donc de dix nationalités différentes périssent à cette bataille. La victoire des troupes françaises sur l'armée bretonne marque la fin de l'indépendance bretonne.

A l'âge de 11 ans, la Duchesse Anne succède à son père, et tente de conserver l'indépendance du duché en épousant Maximilien d'Autriche en 1490 par procuration. Mais, assiégée à Rennes, la Duchesse se voit obliger d'épouser Charles VIII en 1491, et son successeur Louis XII en 1499. Cependant, ces unions ne lient pas encore la Bretagne au royaume de France car seule, Anne est héritière du duché de Bretagne. Elle décède en 1514.  

En 1506, sa fille Claude est contrainte d'épouser François d'Angoulême, futur François Ier, qui devient lui-même duc de Bretagne. Cette fois, le destin de la Bretagne est définitivement lié au royaume de France .
 
Malgré tout, en 1532, François Ier oblige les Etats de Bretagne à signer un Traité d'Union perpétuelle entre le duché et la France, garantissant les libertés et privilèges de la Bretagne dans le royaume, pour éviter tout risque de conflits avec les Bretons, .
 
Les Etats de Bretagne sont souvent contestataires fâce au pouvoir royal afin qu'il respecte ses engagements stipulés dans le traité. Ils assurent également le fonctionnement du duché, au niveau administratif, judiciaire et financier.